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Workflow Meetup の GitHub Pages へようこそ

次回ミートアップは2022-08-17(Wed), 18(Thu) 13:00-19:00(JST) その次、2022-09-xx(Wed), xx(Thu)を予定

Workflow Meetup は バイオインフォマティクスや機械学習のワークフローを

  • 安定稼働させたまま
  • 継続してフィードバックを取り入れ
  • 新機能や改善を、迅速に反映する

ためのあらゆる技術の学習することを目的としたコミュニティです。

これらの技術は急速に開発が進んでおり、研究者が「独学」するのは容易ではありません。 そのため我々は前述の技術を「独学」ではなく「ピアサポート(仲間同士の支え合い)」によって 身につけようとしています。

ここでの「技術」には様々なものがありますが、 主なものは「コンテナ、クラウド、ワークフロー記述言語」になります。

「我流でワークフローを組んだ”後”」に、これらの技術を導入するのも容易ではありません。 これらの技術は普段から学び、慣れておく必要があります。

もちろん学習コストはありますが 「自分以外の人にワークフローを実行してもらう必要がある」 場合、必ずそのコストの元が取れます。

そのコストを下げるべく、このコミュニティではワークフローに関する ベストプラクティス情報を共有しようとしています。

具体的な活動としては月1回のバーチャルミートアップを行っています。 (pragliというツールを使っています。 pragliのURLはこちら。)

Slack workspace (招待リンク) (招待リンクがうまくいかないとき招待の発行はこちらから obf-jpというアドレスですが、これは昔の名前で、同一のものです。) もあります。

興味を持たれた方は気軽にご参加ください。

2018年2月より活動しています。

Workflow Meetup の Google Calendar

この URL をクリックすると、ウェブブラウザからWorkflow Meetup の Google Calendarにアクセスできます。 (みなさんのGoogle Calendarにこのカレンダーを追加するにはリンク先の右下にある「+GoogleCalendar」をクリックしてください。)

いつミートアップが開催されるかの確認にご利用ください。 (ビデオ会議参加のためのURLはカレンダー中に書かれています。)

情報リソース(おすすめのベストプラクティス情報)

「何から学んでよいかわからない、教えてほしい」 と思われるかと思います。

私たちはまず「Snakemakeのtutorial」を学ぶことをおすすめします。 (https://github.com/workflow-meetup-jp/snakemake-tutorial-jpで和訳も行っています。) その理由は

  • 例が最も実用的である
  • よく知られたツールMakeに使用感が近い
  • よく知られたプログラミング言語Python風で簡単

だからです。

「Snakemakeに不足を感じたら他のワークフローシステムも試す」

のがベストプラクティスになると思います。 Snakemakeの他の教材はこちらにもあります。

その他のワークフローシステム等に関しては本サイト上部にあるリンクをご覧ください。