snakemake

Snakemake

Snakemake tutorial 和訳

Snakemakeのtutorial を和訳したものです。

実用的な例がステップbyステップで学習できるようになっています。

下記のようにYouTube動画による紹介もあります。

@kokitsuyuzaki さんによる Snakemake の紹介 YouTube動画 from @biopackathon

variant callingのためのsnakemakeのワークフロー

Titus Brown氏によるタイトルのワークフロー例

Harvard FAS Informatics による bioinformatics tutorials

https://github.com/harvardinformatics/bioinformatics-coffee-hour

のテーブルの「Tues, May 26, 2020」にSnakemakeのJupyter Notebookがあります。

その行のBinderのリンクをふむと環境セットアップ不要でSnakemakeのワークフローを試すことができます。

プロファイルツール

Snakemake-Profiles

ワークフローのカタログ

Snakemake workflow catalog

論文

Sustainable data analysis with Snakemake

Snakemakeの作者らによる最新の論文。F1000Research誌より。